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基于链接分析的PageRank算法，提供了一种衡量网页质量的客观方法，独立于语言，独立于内容，不需人工干预就能自动发现WEB上重要的资源，挖掘出WEB上重要的社区，自动实现文档分类。但是也有一些共同的问题影响着算法的精度与效率。
１．根集的质量。根集质量应该是很高的，否则，扩展后的网页集会增加很多无关的网页，产生主题漂移，主题泛化等一系列的问题，计算量也增加很多。算法再好，也无法在低质量网页集中找出很多高质量的网页。
２．噪音链接。WEB上不是每个链接都包含了有用的信息，比如广告，站点导航，赞助商，用于友情交换的链接，对于链接分析不仅没有帮助，而且还影响结果。如何有效的去除这些无关链接，也是算法的一个关键点。
３．锚文本的利用。锚文本有很高的精度，对链接和目标网页的描述比较精确。 如何准确充分的利用锚文本，对算法的精度影响很大。
４．查询的分类。每种算法都有自身的适用情况，对于不同的查询，应该采用不同的算法，以求获得最好的结果。因此，对于查询的分类也显得非常重要。
当然，这些问题带有很大的主观性，比如，质量不能精确的定义，链接是否包含重要的信息也没有有效的方法能准确的判定，分析锚文本又涉及到语义问题，查询的分类也没有明确界限。如果算法要取得更好的效果，在这几个方面需要继续做深入的研究，相信在不久的将来会有更多的有趣和有用的成果出现。